ハリケンジャーとゴウライジャーが、宇宙忍群ジャカンジャに勝利してから10年。 ハリケンブルー・野乃七海とハリケンイエロー・尾藤吼太は宇宙統一忍者流の忍者として、世界の平和を影から守る日々を送っていた。だがある日、宇宙統一忍者流の施設が謎の忍者によって破壊される事件が発生。調査に赴いた2人の前に現れたのは黒いハリケンジャー・ハリケンダークであり、その正体はかつてハリケンレッドとして2人と共に戦った椎名鷹介だった。 「10年前の戦いは間違っていた」と言う鷹介。彼に手を貸すジャカンジャの残党バット・ゼ・ルンバの狙いは何か?　ゴウライジャーとして活躍した霞兄弟も加わり、ハリケンジャーの新たな戦いが始まる。