両親（佐野元春、石田えり）と弟を飛行機事故で無くした女子高生・当麻紗綾（戸田恵梨香）のもとに、警視庁捜査一課の近藤（徳井優）という刑事がやってきた。「あなたの家族はスペックを持つ者たちに殺された可能性が高い」。当麻はこのときはじめて「スペック」ということばを聞くのだった。その数年後、刑事の道を選んだ当麻は、公安部公安第五課未詳事件特別対策係へ配属され、係長の野々村（竜雷太）に出迎えられる。同じ頃、SITでずば抜けた身体能力を誇る瀬文（加瀬亮）は、銃撃戦で被弾した入山隊長（高嶋政伸）に代わり指揮を執ることに。仕事ぶりを認められた瀬文は、捜査一課特殊犯捜査係、SIT丙隊の隊長を任命される。そんな中、地居（城田優）は両親を殺したのは当麻だという偽りの記憶をニノマエに刷り込む。この日からニノマエは当麻を親の仇と恨み、命を賭けた戦いへと向かうことになるのだった…。