江戸の町で、鳥かご作りの内職をしながらひっそりと暮らす浪人の山村只次郎。ある晩、彼は、男に追い回されていた若い女性かもめを助けようとして、思いも寄らぬ事件に巻き込まれ、奉行所に引っ立てられるが、実はこれは、かつて上方で名うての刺客だった只次郎の腕を見込んで、与力の白鳥右京が仕組んだ狂言だった。かくして只次郎は、奉行所でも裁けない悪人を闇の世界で成敗する、必殺始末人として働くことになる。